Innerhalb einer umsatzsteuerlichen Organschaft wird gemäß § 2 Abs. 2 Nr. 2 UStG lediglich der Organträger als umsatzsteuerlicher Unternehmer behandelt. Die Umsätze und Vorsteuerbeträge, die aus der Geschäftstätigkeit der Organgesellschaft resultieren, werden dem Organträger zugerechnet. Die Zuweisung des Vorsteuerabzugsrechts an den Organträger ist nach einer Entscheidung des Bundesgerichtshofes aber nur formeller, der Abwicklung des Steuerschuldverhältnisses dienender Natur. Im Innenverhältnis ist der Organträger der Organgesellschaft wiederum zum Ausgleich der Vorsteuerabzugsbeträge verpflichtet, die auf die Leistungsbezüge der Organgesellschaft entfallen und die lediglich infolge der umsatzsteuerlichen Organschaft dem Organträger zu Gute gekommen sind.
BGH, Urteil vom 29.01.2013, Az. II ZR 91/11